Fis-sena 1726, żewg Saċerdoti – Patri Anton Barbara u Dun Pietru Saliba – xtaqu jiftħu Konservatorju bl-isem ta’ Ġesù u Marija għal tfajliet fqar li xtaqu jgħixu fl-ispirtu ta’ Santa Tereża ta’ Ġesù. Wara ħafna taħbit irnexxilhom jikru dar u jgħammruha b’dak li kien verament neċessarju. Fid-9 ta’ Novembru ta’ l-istess sena, bil-kunsens ta’ l-Isqof ta’ dak iż-żmien, fra Gaspar Gori Mancini, seba’ tfajliet ingħaqdu f’din id-dar taħt it-tmexxija ta’ Madalena Purselli minn Bormla. Patri Anton u Dun Pietru baqgħu jmexxu lil dawn it-tfajliet li malajr żdiedu fl-għadd. Raw kif xtraw dar oħra u nifduhom sabiex ikollhom aktar kmamar. Din il-ħaga ukoll ma kenitx biżżejjed għaliex meta mar izurhom il-Gran Mastru Manwel de Vilhena ra biċ-ċar li kellhom bżonn aktar spazju. Huwa ordna li jinbnew aktar kmamar biex ikunu jistgħu jgħixu ahjar. Qlub ġenerużi ohra, fosthom is-Sinjura Theresia Falzon Dorel li ħalllitilhom 7000 skud, għenuhom biex jibnu l-Monasteru.
Manwel de Vilhena
Immexxijin minn Patri Anton Barbara, dawn it-tfajliet ġew imħarrġin fis-sura ta’ ħajja tas-Sorijiet Terezjani, hekk li fuq talba tas-Superjura Madalena Purselli lis-Sede Appostolika, l-Isqof fra Paulo Alpheran de Bussan ġie awtorizzat jagħraf lil dawn it-tfajliet bħala Terzjarji Tereżjani Regolari, fit-28 ta’ Ottubru, 1731.
Bi Breve Appostoliku tat-12 ta’ Settembru, 1739, dawn is-sorijiet Terzjarji Tereżjani għaddew ghas-Sekond’ Ordni – jiġifieri setgħu jsiru Sorijiet Karmelitani Tereżjani tal-Klawsura. Fit-13 ta’ Ottubru, 1739, 17-il Soru għamlu l-Professjoni Reliġjuza tagħhom f’idejn l-Isqof ta’ Malta – fra Paolo Alpheran de Bussan.
Fra Paolo Alpheran de Bussan
Il-Knisja l-Qadima ta’ Santa Margerita V.M. kienet diġà tezisti qabel is-sena 1622 fl-inhawi tal-mitħna tar-rih. Però din il-knisja kellha titwaqqa’ biex jinbnew is-swar ta’ Bormla. Dan sar meta b’digriet veskovili tal-31 ta’ Ottubru, 1714 ġiet dikjarata mhux aktar addattata ghas-servizz reliġjuz. L-affarijiet li kien fiha kellhom jingħataw lill-Knisja l-ġdida meta tinbena. Bħala kumpens tal-Knisja l-qadima, il-Kavallieri kienu taw 400 skud u biċċa art biex fuqha tinbena l-knisja l-ġdida. Din hija l-Knisja li llum tagħmel parti mill-Monasteru ta’ dawn is-sorijiet li ha ukoll l-istess isem tal-Knisja jiġifieri Monasteru ta’ Santa Margerita V.M.
Dun Pietru Pawl Parnis, qassis tal-Parrocca ta’ Bormla, kien il-prokuratur tal-Knisja ta’ Santa Margerita meta din twaqqgħet. Għalhekk huwa ndaħal ghall-bini tal-knisja l-ġdida. Il-kuntratt tal-bini tal-knisja l-ġdida sar bl-atti tan-Nutar Gioacchino Grixti fil-21 ta’ Lulju, 1719, bejn Dun Pietru Pawl Parnis, Prokuratur, u l-bennej Anton Azzopardi minn Ħal Luqa. Il-Kampnar sar fl-1856 meta kien prokuratur Dun Salvatore Chetcuti u tħallas fit-8 ta’ Settembru, 1856.
Il-Knisja l-ġdida kellha bħala mudell il-Knisja ta’ San Ġwann t’Għuxa. Kellu jkollha tliet bibien – il-maġġur u tnejn laterali, is-saqaf forma ta’ troll u l-art miksija bic-cangatura ta’ Santa Venera. Il-bini tal-Knisja kien lest fl-1720. Meta l-Knisja għaddiet għand is-Sorijiet, kien hemm bzonn li jsir xi tibdil fil-mod kif kienet mibnija sabiex tkun addattata ghall-bżonnijiet tagħhom. Il-Portiku tal-Knisja, li jixbaħ lil dak ta’ Santa Katarina tal-Belt, huwa xoghol aktar recenti mill-Knisja.
L-Isqof Vincenzo Labini
Kien fis-26 ta’ Settembru, 1737, li Dun Ġwann Battista Chrispo, Kappillan ta’ Bormla, għadda l-Knisja ta’ Santa Margerita lis-Sorijiet li sa dak iz-zmien kienu saru Sorijiet Terzjarji Regulari Karmelitani Skalzi, bl-atti tal-Kanċillier Veskovili Arnaldo Morello. L-Isqof Vincenzo Labini kkonsagra l-Knisja fit-28 ta’ Ottubru, 1787.
Fis-sena 2000, il-Knisja sarilha restawr ġenerali taħt is-sorveljanza ta’ l-arkitett Vince Centorino. Il-Pitturi kienu restawrati minn Patri Martin Borg O.C.D. – Pirjol tal-Kunvent ta’ Santa Tereża, Bormla, u megħjun mis-Sorijiet stess. L-induratura saret mis-Sur John Pace.
Il-kwadru titulari huwa xogħol il-pittur Francesco Zahra u jġib id-data tal-1758. Fih naraw lill-Madonna tal-Karmnu flimkien ma’ Santa Tereża ta’ Gesù (li fis-sena 1562 bdiet ir-Riforma tal-Karmelu għas-Sorijiet). Wara Santa Tereża hemm San Ġwann tas-Salib (li fis-sena 1568, flimkien ma’ Santa Tereża, beda r-Riforma tal-Karmelu għall-Patrijiet). Ħdejn il-Madonna hemm Santa Margerita V.M., it-titular tal-Knisja. Isfel, fuq in-naħa tal-lemin tal-kwadru hemm l-arma ta’ l-Isqof Alpheran de Bussan biex ifakkar li ħallsu hu.
Fuq in-naħa tal-lemin tal-kwadru Titulari hemm pittura ta’ San Franġisk de Paula u fuq in-naħa tax-xellug hemm pittura ta’ San Ġuzepp. Taħt il-kwadru ta’ San Franġisk hemm kwadru tal-Beata Elizabetta tat-Trinità – Soru Terezjana, Franċiza – u taħt l-inkwadru ta’ San Ġużepp hemm kwadru tal-Beata Maria ta’ Ġesù Msallab – Soru Tereżjana wkoll imma mill-Art Imqaddsa – Abellin. Il-pittura tagħhom hija xogħol ta’ Patri Martin Borg O.C.D.
L-Altar maġġur huwa ta’ l-irħam. L-iskannel u t-Tabernaklu huma ta’ l-altar antik. Il-parti t’isfel, li kienet tneħħiet meta sar l-ewwel darba l-altar mejda, hija xogħol ġdid, għalkemm fuq l-istess mudell ta’ l-altar il-qadim. Ix-xogħol ta’ l-irħam huwa tas-Sur Ronnie Pisani. L-altar mejda, xogħol ukoll ta’ Mr.Ronnie Pisani, izomm l-istess stil ta’ l-altari laterali biex ma jistonax ma’ l-arkitettura tal-knisja. Dawn saru fis-sena 2000 meta kienet qed tiġi restawrata l-Knisja.
Iz-zewg altari laterali huma ddedikati: wiehed lil Marija Immakulata li twaqqaf fl-1772, u l-ieħor huwa ddedikat lil San Frangisk Saverju. Huwa xogħol ta’ Francesco Żahra u sar ftit wara l-viżta pastorali li l-Isqof Alpheran de Bussan kien għamel fil-25 ta’ Ottubru, 1751. Dan sar fuq talba li t-Teżorier tal-Katidral, li kien qiegħed jakkompanja lill-Isqof waqt il-viżta, kien għamel biex iwaqqaf altar f’gieħ dan il-Qaddis. Il-pittura li hemm fuq dik ta’ San Franġisk hija ta’ San Pawl. Il-kwadru l-ieħor ta’ taht San Franġisk huwa ta’ Santa Tereża tal-Bambin Gesù, patruna tal-Missjonijiet bħalma huwa San Frangisk Saverju. Fuq il-kwadru ta’ l-Immakulata hemm pittura bl-isem ta’ Marija. L-Altari huma tal-ġebel. L-iskannel (jiġifieri l-parti ta’ fuq) ta’ l-altar tal-Kunċizzjoni huwa ta’ l-injam.
Fuq kull naħa tal-bieb ta’ barra hemm żewg lapidi. Dik tan-naha tas-Sagristija tfakkar l-erba’ persuni li bl-ghajnuna taghhom twaqqaf dan il-Monasteru – Patri Anton Barbara, Dun Pietru Saliba (li kienu l-fundaturi tal-Monasteru), l-Isqof Alpheran de Bussan, u l-Gran Mastru Manuel de Vilhena (li kienu l-aqwa benefatturi tal-Monasteru). Il-lapida tan-naħa l-ohra tfakkar il-konsagrazzjoni tal-Knisja mill-Isqof Vincenzo Labini fit-28 ta’ Ottubru, 1787.
Fuq il-bieb ta’ barra hemm żewg galleriji – wahda magħluqa bi grada ta’ l-injam li tintuża mis-sorijiet biex jgħaddu xi hin fit-talb quddiem Ġesù Sagramentat, u l-oħra kienet tintuza mill-mużiċisti fil-festi l-kbar bħal dik ta’ Santa Margerita, titular tal-Knisja. Il-mużiċisti ilhom li nqatgħu ghax il-kant u d-daqq qiegħed isir mis-sorijiet stess.
Il-lapida li hemm fl-art f’nofs il-Knisja kienet magħmula minn Indrin, hu Dun Anton Barbara biex tfakkar li hemm jinsab il-qabar ta’ Dun Anton.
Il-Lapida tgħid hekk:
"Fi żmien il-GranMastru Fra Anton Manuel de Vilhena u l-Isqof Pawl Alpheran be Bussan, benefatturi kbar tal-Monasteru tas-Sorijiet Tereżjani, anness mat-Tempju ta’ Santa Margerita sa mis-sena 1796, u li fih jinsab il-qabar ta’ Dun Anton Barbara, ħadd qatt ma żaseb biex ikun hemm sinjal li jfakkar dan. Gżalhekk Indrin, hu Dun Anton Barbara, qabel miet, ha ħsieb biex titpogga bi spejjez tiegħu din il-lapida fis-sena 1766."
Din il-Knisja tkun niftuħa kuljum. Filgħodu jkun hemm Quddiesa fis-7.15. Wara nofs in-nhar tkun miftuha wkoll biex min irid ikun jista’ jigi jitlob quddiem Ġesù Sagramentat. Jiġu ċċelebrati l-Festi kbar kollha tal-Knisja bħalma huma l-Milied, it-Tlett ijiem tal-Ġimgħa l-Kbira u l-Għid il-Kbir, kif ukoll tat-Titular tal-Knisja fl-20 ta’ Lulju, il-Festa tal-Madonna tal-Karmnu fis-16 ta’ Lulju, dik ta’ Santa Tereża ta’ Ġesù fil-15 ta’ Ottubru, u ta’ San Ġwann tas-Salib fl-14 ta’ Diċembru, kif ukoll xi festi sekondarji tal-Qaddisin Tereżjani.